El zoológico se abre al público el 18 de agosto de 1997. La Fundación Zoológica del Ecuador (FZE) administra el Zoológico de Quito en Guayllabamba desde marzo de 1999. Se trata de la colección más grande del país de fauna nativa abierta al público. La mayor parte de esta proviene del antiguo Zoológico del Colegio Militar, a la que se ha sumado varios animales producto del tráfico.El Zoológico se encuentra en la población de Guayllabamba a 29 Km de Quito, tiene una extensión de 12 has, 5 están ocupadas por 24 encierros donde se exhiben aproximadamente 180 individuos. La muestra incluye, aproximadamente, 45 especies de fauna nativa, representantes de diversas ecoregiones del país, desde los páramos hasta los bosques tropicales de la Costa y Amazonía y las Islas Galápagos.
Desde su apertura se ha experimentado un éxito muy importante por la recepción masiva de la población (un promedio de 17000 visitantes mensuales) de la ciudad de Quito, sus alrededores y del país en general. El zoológico ofrece a la comunidad una experiencia educativa recreativa, recibe anualmente alrededor de 800 planteles educativos, para los cuales, este espacio se convierte en un recurso didáctico interactivo que promueve la valoración de nuestra fauna. 
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